En primer lugar para facilitar a los usuarios cada vez que se actualice la interfaz, en lugar de descargar una versión nueva e instalarla, se modifica en el servidor.
Otra razón es la compatibilidad ya que así los requerimientos para ver los videos sería mínima (exceptuando la banda ancha) y se tendría una cantidad mayor de usuarios, sobre todo sin mencionamos a todos los linuxeros que no pueden usar Joost porque es solo para OS X y Windows.

No soy el único que piensa esto, por eso un programador independiente desarrolló una versión de Joost en flash, obviamente no tiene acceso a los contenidos de Joost pero la interfaz es idéntica, pudiendo accesar a videos de Youtube, DailyMotion, Veoh, y otros.

Joost Flash | Vía NewTeeVee